Endüstriyel atıksu fabrika ve imalathanelerinde üretim yaparken sularında deşarjlarında oluşmaktadır. Evsel atıksu arıtma tesislerine nazaran endüstriyel atıksu arıtma tesislerine çok farklı debi ve kirletici yükleri ile giriş yapmaktadır.
Bu farklılık suyun kullanıldığı sektörden sektöre radikal biçimde farklılık göstermektedir. Kirletici konsantrasyonlarının ve debi farklılığı neticisinde endüstriyel atıksu arıtma tesislerinde; fiziksel, kimyasal, biyolojik ve ileri arıtım teknolojileri kullanılmaktadır.
Fiziksel arıtma; prosesten gelen atıksuyun içerdiği kaba kirleticilere bağlı olarak basit bir ızgara sistemi ile yapılabilindiği gibi, tekstil ve kağıt sektörü atıksularında görülen yoğun kaba pislikler dolayısı ile ince ızgara sistemleri ile karmaşık prosesler olarak tasarlanabilimektedir. Endüstriyel atık su arıtma tesislerinde kum tutucu üniteler kullanılmamaktadır.
Kimyasal arıtma; endüstriyel atıksularda yaygın olarak kullanılmaktadır. Atıksuyun debi ve kirletici konsantrastonuna bağlı olarak koagulasyon, flokülasyon ünitelerinin yanında yoğun yağ-gres kirliliği bulunan endüstriyel atıksuların arıtılmasında çözünmüş hava flatasyonu (dissolved air flotatiton) DAF sistemleri kullanılabilir.
Organik kirlilik içeriği fazla olan yüksek debili endüstriyel atıksularda biyolojik reaktörler oksijenli ve oksijensiz olarak tasarlanabilinmektedir.
Çamur bertarafı olarak yoğunlaştırma ve susuzlaştırma sistemleri kullanılır. Yüksek AKM oranının bulunduğu Gıda ve maya sektörlerinde anaerobik digester üniteleri kullanılabilinmektedir.
Çamur susuzlaştırma üniteleri projeye bağlı olarak belt pres, filtre pres veya çamur kurutma yatağı olarak kullanılmaktadır. Dekantör kullanımı çamur konsantrasyonun çok sık değiştiği endüstriyel atıksu arıtma tesislerinde tercih edilmemektedir.
Günlük debisi 100 metreküp'ü aşmayan endüstriyel atıksu arıtma tesislerinde paket arıtma sistemleri yaygın olarak kullanılmaktadır. Paket arıtma üniteleri montaj, imalat ve taşınabilinme özellikleri dolayısı ile fabrika benzeri imalat kurumlarına sıklıkla tercih edilmektedir.